1872年馬偕博士自加拿大長老教會遣派來台灣宣教，以醫療傳道之精神，展開身心醫治及傳福音的事工；並於1879年在淡水創建台灣北部第一所西醫院「偕醫館」，成為馬偕醫院的前身。馬偕博士除了在醫館為病患診治疾病，也常帶領門徒四處醫療傳道，他們的足跡遍行北台灣，「一手聖經，一手鉗」即為當時的寫照。馬偕博士在台三十年間，為病患拔牙達二萬顆以上，他所留下的佳美足跡，是馬偕醫院推展醫療傳道事工的最佳典範。

　　1982年因看見東部地區醫療缺乏，連續兩年派醫師支援蘭嶼衛生所，開始踏入參與台東縣基層醫療的第一步，並於1983年至1985年間於成功鎮衛生所、太麻里鄉衛生所、富里鄉衛生所開辦群體醫療執業中心，於1984年與台東省立醫院實施醫療合作計畫。因著與東部地區密不可分的因緣，到了1985年每月有馬偕十位年輕醫師同時在花、東兩縣服務，讓我們深深體會台東地區醫療的需要，同時期花蓮有慈濟醫院籌設，高雄有長庚醫院設置，而台東卻未有大型醫院願意進駐。

　　1985年12月14日馬偕紀念醫院秉持「那裡有需要，就到那裡去」，在吳再成院長及地方主管官署、教界牧長、社會熱心人士積極奔走努力下，舉行破土典禮，施工一年半後於1987年8月15日，於當時仍甚為荒野的台東市鯉魚山下設立分院，落地深根在台東，也將台北的醫療技術及人才送到全台最偏遠的角落。設立後有感台東地緣的特殊性，聯外交通非常不便，我們努力扮演著台東地區唯一區域教學醫院角色，成為科別最多、設備最佳的急重症醫療後送醫院，守護著台東地區民眾的健康與生命。

　　本院創立以來，一直擔任台東縣內唯一區域教學醫院之角色，肩負著台東地區後送醫院的功能，並承辦區域性醫療計畫。對於後山台東醫療人才的培育更是肩負教育之搖籃，定期舉辦醫療講座、辦理大型研討會邀請各領域權威專家至台東教學，有時透過刊物的出版等方式，提供在地醫師、醫療從業人員最新的新知，讓醫療專業與日俱進，並回饋在台東居民健康照護。

　　有感於台東民眾對於急重症醫療的迫切需求，原醫療大樓已不敷使用，不論在空間、設備及技術都需再提昇。所以自2011年對外提出要蓋二期醫療大樓的夢想，歷經三年的募款及籌建，獲得各界熱烈響應支持，終於在2014年5月落成啟用，提供台東病患更好的治療環境及醫療品質。

　　除了強化急重症醫療外，對於偏遠山地、離島醫療的支援亦不餘遺力。在未實施健保前，馬偕山地巡迴醫療服務隊在台東縣各偏遠鄉鎮，持續了七年免費的義診服務；健保上線後，1998年陸續承辦了蘭嶼鄉、綠島鄉、金峰鄉的IDS醫療改善計畫。克服了人力及時空的種種困難，徵召本院及自全省各地的優秀專科醫師，定期遠渡重洋前往巡迴醫療。長期對來對山地離島地區醫療盡心力，並建置完善的專科視訊會診及後送機制，使蘭嶼、綠島鄉民雖處離島，依然可得到最好的健康照護。

　　另外，本院為補足獨居老人的送餐服務的不足，使銀髮長者假日不致挨餓，自2008年開始推動弱勢銀髮族點燈計畫，照顧遍及台東縣各偏遠部落獨居老人，讓馬偕博士的精神繼續在台東地區發光發熱。